Если по дисциплине используется БРС, то и ведомость на нее выдается в деканате. В этом случае зачет (или незачет) ставится и в ведомость, а зачет и в зачетку. Естественно, что это учитывается как и обычный зачет/экзамен. Если же преподаватель не использует БРС и в ведомость результат не вносится, то Вам повезло :) ... до следующего семестра (т.к. скорее всего в следующем семестре Вам зачтутся успехи и текущего семестра). На стипендию влияет только результат, зафиксированный в ведомости.